안녕하세요~:)

연말정산은 소득세법 137조에 보면
① 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득세(이하 이 조에서 “추가 납부세액”이라 한다)를 원천징수한다.
라고 되어있어요.

그래서 제 생각에는 국세청에서 환급&납부 일과 별개로~
저는 2월지급분에 환급이나 추징이 진행이 되어야 되지 않나 생각해요.

물론 실무상! (현장에는 정답이 없다보니!) 환급을 받아서 주는 회사도 있는것으로 알고 있고
더 확장해서 반기별 추징 세액이 발생하는 회사의 경우 실제 소득세 정산일인 7월에 정산을 하는 경우도 있습니다~
(즉 직원들에게 정산하는것은 회사마다 다르게 하기도 한다는거죠)

환급금의 지급은 별개로 생각해 주심 될꺼 같아요 :)
실제 원천징수 이행상황신고서의 작성원리도 직원분들께 지급하는 월이 아닌
2월근로소득 지급분으로 되어있으니까요 :)