안녕하세요 이유순캡틴입니다.
먼저 첫번째 질문해주신 내용부터 말씀드리면, 결제 금액은 신고 금액 기준으로 보는게 정확합니다.
홈텍스>카드사매입내역>영수증 이렇게가 굳이 나누자면 맞지 않을까요?

그리고 두번쨰 질문해주신 법인카드의 영수증이 없다면, 카드회사 사이트에 매출전표를 출력하여 보완하시고,
관리하시는게 타당하다고 생각됩니다.

부가세 신고의 대상은 국세청, 즉 정부이고 결과 값은 홈텍스 매입 내역으로 일치시키는게 맞습니다.
매입내역에서 부가세가 나뉘어 진다던지, 임의 분류가 되어 있다면,
공제대상과 불공제 대상을 '업체유형' / '결제내용' / '계정처리' 순으로 검토해보시면 차이나는 부분을 찾는데 도움이 되실꺼예요.

안녕하세요 캡틴님 답변 감사합니다.
말씀주신대로 신고금액 기준으로 홈텍스>카드사매입내역>영수증 이렇게 답변주셨는데,
그렇다면 예를들어 B라는 결제건이 6월 23일자에 결제되었는데 홈텍스상 결제 내역 자체가 조회가 되지 않는 경우 어떻게 해야하나요? 말씀주신대로 홈텍스 기준으로 신고를 하게된다면 실제로 사용된 비용이 처리가 되지 않게 되는건가요...? 이렇게 처리가 되어도 괜찮은지요...
심지어 6월 30일자에 결제된 법인카드 결제건은 거의다 홈텍스에서 조회가 안되더라구요.. ?
그러면 이것도 생략하고 신고들어가도 되는걸까요? ㅠㅠ 다른분들은 어떻게 처리하시는지 궁금해요

법인카드 내역은 '승인일'을 기준으로 보셔야 합니다.
그래서 6월 30일자 결제는 카드사의 상황에 따라 7월에 승인나는 경우도 있기 떄문에
내역 조회를 할때 7월 5~10일까지 카드 내역 조회해서 홈텍스 신고 내역과 비교하시는 게 맞아요.

그리고 결제되었는데, 홈텍스상 조회가 되지 않는다면 카드사 매입내역상에
변동 여부를 확인하시고, 취소나 결제 변경된 사항이 있는지 알아보시면 됩니다.

홈텍스는 확정 내용이니, 카드사 매입 내용과 비교 확인하시면서 차이 부분을
회사에서 제출받은 자료로 확인하시는 과정으로 대응하시는 게 타당하고요.

홈텍스에서 조회되지 않는 내역인데 카드사매입내역에 있다면 신고는 2기 예정으로 넘어가지만,
프로그램상 입력은 6월로 하시거나 7월 1일 전표로 진행하시거나 회사에서 기존 처리하던 방법으로
대응하시고 누락분은 별도 관리하시는게 2기 예정 신고 하실때 편하실 껍니다.