혤미7046님 안녕하세요 :)
캡틴 김현주입니다.

사업용 카드를 홈택스에 늦게 등록하였을 경우 처리 방법에 대해 질문해주셨는데요.
제가 생각하기에 해당 문제는 회계 프로그램과 홈택스 시스템을 고려했을 때 아직까지 명확한 처리 방법이 없는 것 같습니다.
따라서, 제가 처리했던 방식과 대응 방안에 대해 아래와 같이 답변드립니다.

1. 사업용 카드와 일반 카드의 차이
- 부가세 신고서 작성 시, 사업용 카드와 일반 카드의 처리 방법에 대한 차이는 아래와 같습니다.
- 사업용 카드 : 신용카드등수령명세서에 총 건수, 총 공급가액, 총 세액으로 기재됨(즉, 합계로 기재)
- 일반 카드 : 신용카드등수령명세서에 한 건 한 건 상세 내역으로 기재됨

2. 원칙적인 처리 방법
- 국세청 입장에서는 등록되지 않았던 기간(1~9월)의 내역은 확인할 수 없기 때문에 부가세 공제를 받는 상세 내역이 필요합니다.
- 따라서, 1~9월분은 일반 카드로 상세 내역이 기재되고, 10~12월분은 사업용 카드로 합계 내역으로 기재가 되도록 신고서를 작성하여야 합니다.

3. 회계 프로그램과 홈택스 시스템으로 인한 어려움
- 그러나, 하나의 과세기간(ex. 7~12월) 안에서 동일한 카드를 나눠서 처리하기에는 문제가 있습니다.
- 만약 전부 사업용 카드로 처리한다면, 홈택스에서는 국세청에서 수집한 자료보다 공제세액이 크다고 경고 문구가 뜨고
- 전부 일반 카드로 처리한다면, 해당 카드 번호는 국세청에 사업용으로 등록되어 있다는 경고 문구가 뜨기 때문입니다.
- 따라서, 2가지 처리 방법 모두 리스크가 있습니다.

4. 저의 처리 방법
- 따라서, 저의 경우에는 '리스크가 더 적은' 일반 카드로 처리를 해왔습니다.
- 왜냐하면, 전부 사업용 카드로 처리할 경우 국세청에서 수집하지 않은 기간(1~9월)에 대해 '총 합계' 내역으로만 기재되기 때문에 추후 소명 요청의 가능성이 더 클 것으로 판단했기 때문입니다.

5. 앞으로의 대안
- 만약 가능하다면 다음에는 아래와 같이 처리를 해 볼 생각입니다.
- 프로그램 '거래처등록'에서 2개의 거래처 코드를 생성(ex. 99610, 99611)하여 1~9월은 99610(일반카드), 10~12월은 99611(사업용카드)로 처리
- 이 방법이 전자 신고만 가능하다면, 원칙적인 방법으로 처리할 수 있는 방안이 될 것으로 생각됩니다.

정리하자면, 명확한 처리 방법이 없는 문제는 '① 리스크가 적고 ② 소명이 가능한 방법으로 처리를 한다' 라고 생각해주시면 될 것 같습니다.

혤미7046님 덕분에 저도 다시 한번 정리해볼 수 있는 계기가 되었네요^^
만약 혤미7046님께서 먼저 5번의 방법으로 처리해보신다면 나중에 꼭 피드백주시면 감사하겠습니다.
불금 화이팅~!!!

정성스러운 답변 감사합니다.
5번내용을 적용해서 이번에 신고해보도록 하겠습니당!!